Η Ε.Ε.Ε.Φ. έχει διοργανώσει έως σήμερα πολυάριθμα Ετήσια Συνέδρια σε διάφορους χώρους και με μεγάλη επιτυχία. Το Ετήσιο Συνέδριο της Ε.Ε.Ε.Φ. είναι η κεντρική της εκδήλωση, διεξάγεται συνήθως φθινόπωρο ή χειμώνα και διαρκεί τρεις ημέρες. Την διοργάνωση του αναλαμβάνει η εκάστοτε Οργανωτική Επιτροπή, ενώ το Επιστημονικό του πρόγραμμα καταρτίζει η Επιστημονική Επιτροπή, που ορίζεται από το Διοικητικό Συμβούλιο για το σκοπό αυτό.
Στα Συνέδρια που διεξήχθησαν συμμετείχαν ως προσκεκλημένοι, Έλληνες και ξένοι διακεκριμένοι ομιλητές, Καθηγητές Πανεπιστημίων, εκπρόσωποι ιατρικών ειδικοτήτων, άλλων επιστημονικών κλάδων και φυσικοθεραπευτές. Τα Συνέδρια της Ε.Ε.Ε.Φ., όπως φαίνεται στην αναλυτική τους παρουσίαση, δεν έχουν τίποτα να ζηλέψουν από Συνέδρια άλλων επιστημονικών χώρων, αλλά και από αντίστοιχες φυσικοθεραπευτικές εκδηλώσεις σε χώρες της Ευρωπαϊκής Ένωσης και αλλού.
Κατά τη διάρκεια του 3ημέρου του Συνεδρίου, εκτός των επιστημονικών ομιλιών, πραγματοποιούνται και εργαστηριακές ασκήσεις, απονέμονται τιμητικές διακρίσεις και αριστεία, ενώ δεν λείπουν και οι κοινωνικές εκδηλώσεις (δεξίωση γνωριμίας, επίσημο δείπνο…). Στους χώρους διεξαγωγής του Συνεδρίου εθιμοτυπικά διεξάγεται πλήρης εμπορική έκθεση, με σκοπό την ουσιαστική επαφή και γνωριμία των συνέδρων με τους υπευθύνους των εμπορικών εταιρειών που συμμετέχουν και την ενδελεχή ενημέρωση τους για τα προϊόντα τους.